Dois anos após os acontecimentos da Quarta Grande Guerra Ninja, a lua, criada há muito tempo por Hagoromo Outsutsuki para selar o corpo do Juubi começa a cair em direção à Terra, ameaçando destruir tudo com o impacto. A crise é causada por Toneri Outsutsuki, o último descendente vivo de Hamura, irmão gêmeo de Hagoromo, cuja família vivia na Lua desde a sua criação. Em meio ao caos, Toneri tenta sequestrar Hinata Hyuga, mas acaba sequestrando sua irmã mais nova, Hanabi. Agora, Naruto e seus aliados preparam uma missão de resgate antes de se verem envolvidos em uma batalha final que irá decidir o destino de tudo.